Päätoimessaan Allan Seppänen toimii johtavana lääkärinä Pohjoismaiden suurimmassa oikeuspsykiatrisessa sairaalassa, Niuvanniemen sairaalassa, jossa potilaiden hoitotarpeet vaihtelevat psykooseista päihde- ja persoonallisuushäiriöihin. Hän on vahvasti mukana palvelujärjestelmän kehityksessä ja kouluttamisessa oikeuspsykiatrian alalla. 

Aikaisemmin hän on työskennellyt HUSissa tehostetun osastohoidon ja oikeuspsykiatrian yksikön ylilääkärinä, sekä oikeuspsykiatrian erikoislääkärinä ja vankilalääkärinä. Hän on toiminut myös asiantuntijana Helsingin hallinto-oikeudessa ja mielenterveyslainsäädäntöön liittyvissä asioissa. Hän on ollut mukana uusien oikeuspsykiatristen palveluiden suunnittelussa, mukaan lukien oikeuspsykiatrinen poliklinikkatoiminta, sekä sairaalaratkaisujen suunnittelu tiiviissä yhteistyössä arkkitehtien kanssa. Hän on myös toiminut THLn oikeuspsykiatrisena asiantuntijana kansainvälisissä kehitysprojekteissa Kosovossa ja Egyptissä.

Kliinisen kokemuksen, tutkimustyön ja sekä kotimaisen, että kansainvälisen tason asiantuntijatyöskentelyn kautta hän on saanut runsaasti kokemusta psykiatrisiin palveluihin -erityisesti oikeuspsykiatriaan- sekä vankiterveydenhuoltoon vaikuttavista kliinisistä haasteista, palvelujärjestelmästä ja lainsäädännöstä.